Такая проблема все чаще встречается у обладателей операционной системы Windows 8/8.1. А возникает она из за того что Вы устанавливаете Counter-strike на диск с ОС. Вам поможет запуск от имени администратора (Кликаем правой кнопкой по ярлыку с игрой и выбираем в контекстном меню пункт "Запуск от имени администратора")

Лично мой антивирус Касперский 2015 тоже не молчит при первом запуске Counter-Strike. Если Вы вчитывались в само сообщение, то оно предупреждает что программа не проверена и не зарегистрирована, но никак не опасна и не вредна Вашему компьютеру. Добавить в доверенные программы решит данную проблему. А возмущается он из за защиты во всех наших сборках от сторонних изменений (замена ника, изменение гейменю, порча конфига, порча сборки и т.д.)

Сам столкнулся с данной проблемой при запуске нон-стим Counter-strike при запущенном STEAM. Выход из игры и отключение стим должно решить данную проблему. Если не помог первый способ, то вперед чистить реестр.